En los años cincuenta volvió a haber actividad en Atapuerca. El Grupo Espeleológico Edelweiss (GEE), de Burgos, empezó por aquel entonces a catalogar y cartografiar con detalle las cavidades de la región, incluyendo la Cueva Mayor. En 1962, miembros del GEE comunican la existencia de fósiles en la Trinchera de Ferrocarril a las autoridades. En 1963, Basilio Osaba muestrea la Trinchera y encuentra un hacha de mano que asigna al Achelense. En 1964 y 1966, Francisco Jordá efectua excavaciones allí, en la Trinchera y en Cueva Mayor, respectivamente. El resultado es la primera estimación de la antigüedad del Yacimiento de Trinchera: más de 500.000 años, según el análisis de la fauna llevado a cabo por Juan Francisco Villalta. En 1968, Narciso Sánchez, miembro del Instituto Paleontológico de Sabadell, enviado por Miquel Crusafont, tomó 
muestras de en la Trinchera.
En 1972 el GEE descubre la Galería del Sílex, una rama lateral de Cueva Mayor que contiene un santuario prehistórico con restos de diferentes épocas, desde el Neolítico a la Edad del Bronce. El lugar estaba intacto; un derrumbe del techo cerró la boca de la galería, dejándolo tal y como estaba en aquella época. Los trabajos efectuados revelaron vasijas de cerámica rotas intencionadamente en estrechos rincones, enterramientos en zonas casi inaccesibles de la cueva, un muro construido como barandilla para hacer más segura una sima en cuyo fondo estaban aún los cadáveres de un par de accidentados… Y también una explotación de sílex, un tipo de roca de excelente calidad para fabricar herramientas de piedra. En la pared había además unos extensos paneles de pinturas y grabados, que son interpretados como evidencia de que aquel lugar era un santuario. Ante la importancia del hallazgo, la Diputación Provincial de Burgos procede a cerrar con una verja metálica el acceso a la cueva. En aquellos años se inician una serie de problemas con las autoridades militares, por el uso de la Trinchera como lugar de prueba de explosivos; la zona es, desde 1973, campo de maniobras del Ejército. Por entonces, el Grupo Edelweiss solicitó la protección completa de los yacimientos, intentando evitar la expropiación de los situados en el término municipal de Ibeas de Juarros, y la declaración del conjunto como Monumento Histórico-Artístico.
muestras de en la Trinchera.En 1972 el GEE descubre la Galería del Sílex, una rama lateral de Cueva Mayor que contiene un santuario prehistórico con restos de diferentes épocas, desde el Neolítico a la Edad del Bronce. El lugar estaba intacto; un derrumbe del techo cerró la boca de la galería, dejándolo tal y como estaba en aquella época. Los trabajos efectuados revelaron vasijas de cerámica rotas intencionadamente en estrechos rincones, enterramientos en zonas casi inaccesibles de la cueva, un muro construido como barandilla para hacer más segura una sima en cuyo fondo estaban aún los cadáveres de un par de accidentados… Y también una explotación de sílex, un tipo de roca de excelente calidad para fabricar herramientas de piedra. En la pared había además unos extensos paneles de pinturas y grabados, que son interpretados como evidencia de que aquel lugar era un santuario. Ante la importancia del hallazgo, la Diputación Provincial de Burgos procede a cerrar con una verja metálica el acceso a la cueva. En aquellos años se inician una serie de problemas con las autoridades militares, por el uso de la Trinchera como lugar de prueba de explosivos; la zona es, desde 1973, campo de maniobras del Ejército. Por entonces, el Grupo Edelweiss solicitó la protección completa de los yacimientos, intentando evitar la expropiación de los situados en el término municipal de Ibeas de Juarros, y la declaración del conjunto como Monumento Histórico-Artístico.
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