Presidiendo la villa de su mismo nombre, y en el paraje conocido ya en un documento silense de 954 como Valle de Tabladillo, se alza la abadía benedictina de Santo Domingo de Silos. Su origen podría encontrarse en un modesto cenobio visigótico del siglo VII, dedicado a San Sebastián y fundado por una comunidad monacal eremítica. Se sabe que fue refundado por el Conde Fernán González, que le otorgaba fueros en 954. Las excavaciones arqueológicas han descubierto la existencia de un edificio mozárabe.
Conocemos los nombres de algunos de sus primeros abades: Gaudencio (929-943), Placencio (...-954), Blas (978-979) y Nuño de Doñasantos (1019-...).
En el siglo X, a medida que los condes castellanos lograron repoblar estos territorios, se recobró la vida monacal, aunque todavía expuesta a los ataques de los musulmanes cordobeses a lo largo de todo el siglo X. Por todo ello, la configuración plenomedieval del cenobio silense fue resultado de las reformas llevadas a cabo en pleno siglo XI por el abad Domingo, restaurador y figura central de la historia de Silos. Recibió su cargo de manos del rey Fernando I de Castilla el 24 de enero de 1040, y su labor fue tan importante que desde el mismo momento de su muerte fue considerado como santo, pasando el monasterio a llamarse de Santo Domingo de Silos.
Santo Domingo se encargó durante 33 años de restaurar el cenobio, planificó un nuevo edificio y revitalizó el antiguo scriptorium. Todo ello convirtió al monasterio en un referente cultural, religioso, económico y político, del reino castellano. Tras la muerte del abad en 1073, su sucesor, el abad Fortunio, se encargó de impulsar las obras del claustro y la iglesia.
Después de la canonización de Santo Domingo de Silos en 1076, el monasterio de Silos se hizo más famoso. Por eso, reyes, nobles, y toda clase de gentes dieron donaciones al monasterio para motivos sociales, políticos, o espirituales. El Cid donó tierra de Frescinoso y Peñacoba que está cerca de Silos. También, el Rey Alfonso VI otorgó a los monjes de Silos el derecho de pastos y leña que son alrededor del monasterio, y Valnegral y Villanueva de Jarama que son lejos de Silos.
Todo lo expuesto sobre el Monasterio de Silos justifica que entre el siglo XI y el XV se convirtiera en uno de los lugares más influyentes, con gran actividad interna y externa, y centro de peregrinaciones y de vida cristiana en torno al
sepulcro de Santo Domingo. Posteriormente, en 1512, se adhirió a la Congregación Benedictina de Valladolid.
En el siglo XVIII la iglesia románica fue destruida y reconstruida por el arquitecto Ventura Rodríguez en estilo neoclásico. Afortunadamente nos quedó el claustro, de finales del siglo XI y todo el XII. Lo más destacable es la calidad en arte y simbolismo de los 64 capiteles del claustro bajo, con una colección delirante de encestados, zarcillos, acantos, sirenas y grifos, leones, centauros, dragones y aves fabulosas.
En 1835 se interrumpió la vida monástica en Silos a consecuencia del decreto de exclaustración que se vio continuado con la Desamortización del ministro Mendizábal, en 1836. Ello provocó el abandono de las dependencias monásticas y de todos sus manuscritos, obras de arte y demás objetos de valor. Afortunadamente, en 1880 un grupo de monjes benedictinos franceses, de la Abadía de Ligugé, dirigido por el monje Don Ildefonso Guépin, salvó a Silos de la ruina al establecerse en dicho lugar. De esta manera, fueron restaurando el monasterio y también recuperaron parte de sus restos culturales, hasta llegar a convertirse en una de las comunidades más importantes de la Orden Benedictina actual.
En el museo se puede admirar una arqueta relicario fechada entre los siglos XII y XIII, con cubierta a dos vertientes y figuras grabadas y cinceladas. Es un buen ejemplo de lo que fue la importante escuela de esmaltes silenses. Otras piezas conservadas son una cabeza romana (siglo III o IV), probablemente originaria de la ciudad de Clunia, una paloma eucarística (siglo XII o XIII) y un báculo abacial.
Es relevante, asimismo, el archivo del monasterio, en el que se guardan fragmentos del Beato del siglo X, una hoja de la Biblia de Oña, otros fragmentos de manuscritos visigóticos y fragmentos musicales de unos veinte códices en notación aquitana.
En 1964 fue descubierto, formando parte de la cimentación de la iglesia actual, un tímpano
románico del templo primitivo, que puede fecharse en torno al año 1200.
En cuanto a la Botica, fue fundada en el año 1705 para suplir el deficiente ser
vicio médico
que ofrecía la farmacia existente en el pueblo de Silos.
Se componía de un jardín botánico especializado, de un laboratorio bioquímico, de una biblioteca y de un mueble barroco en el que se guardaba el botamen. Este último está constituido por trescientos setenta y seis tarros realizados en cerámica de Talavera, decorados con el escudo de armas del monasterio.
En la biblioteca se pueden admirar más de cien mil volúmenes, muchos de un valor incalculable, algunos del siglo XVI, y sobre todo de los siglos XVII y XVIII. Destaca un magnífico Dioscórides, de 1525, con excelentes dibujos de animales y plantas. Destacan algunos textos latinos, que llevan escritas en sus márgenes notas aclaratorias en romance, de finales del siglo XI. Son las llamadas Glosas Silenses, escritas en un homiliario, hoy en el Museo Británico, y en otros dos libros religiosos del monasterio.
Es asombroso que tantas documentaciones fueron salvadas por los años porque el monasterio de Silos ha tenido muchos incendios. Había fuegos en 1254, 1352, 1442, 1751, y 1970.
Asimismo, el laboratorio está espléndidamente dotado con un gran número de matraces y otras vasijas de cristal, alambiques y una serie de morteros. Entre 1957 y 1967, son recuperados tres lotes de anaqueles, tarros y cajonería que pasan a formar parte del conjunto que se aprecia en la actualidad.
Los benedictinos de Silos tienen una larga tradición hospedera. Este es el único monasterio de España en el que los monjes hacen sus plegarias, oraciones y oficios completamente en gregoriano.