Las primeras referencias históricas escritas que tenemos de Clunia, son citas de historiadores romanos, que hacen referencia de élla en las denominadas Guerras Sertiorianas.
Quinto Sertorio nació hacia el año 122 a. C., pertenecía a una de las familias romanas más
influyentes, y desde muy joven se ganó una buena reputación como militar luchando en Germania, junto al cónsul Mario. Años más tarde, se trasladó junto con este cónsul a Hispania, donde una acción suya en Castulo (Linares), le valió que el Senado de Roma le concediera la corona cívica con hojas de roble, el mismo triunfo que alcanzaría un tal Julio César años después.
Sertorio mostró afinidad ideológica política con Mario, afiliándose al denominado partido “popular”, que estaba en pugna continua con los conservadores “optimates”, cuyo representante más destacado, fue el futuro dictador sangriento de Roma Sila, lo que le generó una serie de conflictos en los que se verá involucrada Clunia.
En Hispania, prosperó como magistrado romano, en el año 83 a. C. fue Pretor de la provincia Citerior, donde estaba incluida Clunia, pero con la
llegada al poder de Sila, fue destituido de su cargo. Lejos de amilanarse, se rebeló contra
Roma, consiguió reunir un ejército de aproximadamente 9.000 efectivos, dentro de los
cuales se hallaron veteranos legionarios romanos y algunas tribus celtíberas y lusitanas, a
los que adiestró de una forma racional e inteligente, teniendo en jaque varios años al
ejército romano, ya que a su causa se fueron adhiriendo cada vez más efectivos y
ciudades. Convertido en un problema para Roma, ni siquiera a la muerte del dictador Sila,
fue amnistiado, el Senado envió a Pompeyo con un gran contingente de tropas, que
atacando con gran virulencia, fueron recuperando terreno sobre los sertorianos.
En el año 75 a. C., la tropas dirigidas personalmente por Sertorio, quedan sitiadas
en dos ciudades principalmente, Sagunto y Clunia, donde resistieron heroicamente hasta
finales de año. En el año 74 a. C., Pompeyo se refuerza, emprende una campaña dirigida a
destruir los centros de abastecimiento sertorianos, e igualmente financia la traición, así
que poco a poco Sertorio, se va quedando solo. Finalmente, sus antiguos aliados se
conjuraron para asesinarlo en un banquete celebrado en Osca.
Muerto éste, algunas ciudades celtíberas mantuvieron su “devotio” a Sertorio y
resistieron heroicamente hasta las últimas consecuencias, entre las que se encuentran
Clunia, Termancia y Uxama. Vivo ejemplo de este juramento celtíbero, son los famosos
jinetes, cuya estampa figura en el reverso de algunas monedas de aquélla época.