El testamento de Fernando I (muerto en 1065) entregó a Urraca y a su hermana Elvira sendos infantazgos que incluían el patronato sobre los principales monasterios de León y Castilla, a fin de que se mantuvieran con sus rentas hasta que contrajeran matrimonio. No existe ningún indicio histórico de que Urraca recibiera, además, el señorío sobre la ciudad de Zamora, a la que ha quedado para siempre ligado su personaje. En cambio, se sabe que obtuvo como dotación a la muerte de su padre los derechos señoriales sobre Covarrubias, Santa Eugenia, Villas Ermegildo y Albín. La condición testamentaria de que las infantas disfrutaran de estas riquezas únicamente mientras permanecieran solteras, influyó sin duda en el hecho de que ninguna de ellas llegara a casarse.
El testamento de Fernando I iba a ser causa de graves discordias entre sus hijos varones, y en estas disputas desempeñaría un papel decisivo la infanta Urraca. En efecto, Fernando I dispuso el reparto de sus reinos entre sus tres hijos varones: Sancho recibió Castilla; Alfonso, León, y García, el reino de Galicia. Pero tanto Alfonso VI como Sancho II deseaban mantener unidos los reinos bajo un solo mando. La creciente tensión entre Sancho y Alfonso culminó en la batalla de Llantada, en julio de 1068, cuyo resultado fue indeciso.
En 1071, Alfonso VI y Sancho II acordaron despojar a su hermano García de Galicia. Pero Sancho se apropió del título real, lo que fue origen de una nueva crisis. Ambos hermanos acordaron dirimir sus disputas en un único encuentro, en Golpejera. Alfonso VI fue derrotado y enviado prisionero al castillo de Burgos, mientras Sancho se hacía coronar rey en León.
En este momento intervino Urraca Fernández. Desde el inicio de las luchas sucesorias, Urraca se había decantado a favor de su hermano Alfonso, en cuya corte leonesa residía junto a su hermana Elvira y su madre, doña Sancha.
Según las crónicas, Urraca sentía una apasionada predilección por su hermano Alfonso, que la llevó a intervenir en política para asegurar su triunfo sobre Sancho II. La infanta trató de mediar entre sus hermanos y rogó a Sancho que liberara a Alfonso, a lo que aquél accedió, no sin antes hacerle prestar juramento de fidelidad. Alfonso marchó exiliado a su reino vasallo de Toledo, donde permaneció ochos meses, según las crónicas, durante los cuales Urraca preparó su restablecimiento en el trono.
A fines del verano de 1072, Urraca conspiró desde Zamora -ciudad que pertenecía al condado de Pedro Ansúrez, su principal colaborador político-, con la intención, al parecer, de promover una revuelta generalizada del reino leonés contra Sancho II. El rey acudió con sus huestes y puso cerco a las formidables murallas de Zamora. Pero el 7 de octubre de 1072, un caballero zamorano, de nombre Vellido Dolfos, se introdujo en el campamento de los sitiadores e hirió de muerte al rey.
La desaparición de Sancho II puso fin al cerco de Zamora y dejó a Alfonso VI el camino expedito para la dominación de los tres reinos de su padre.
Entretanto, García había regresado a Galicia, considerando que el nuevo cariz de los acontecimientos le permitiría recuperar su reino. Al parecer, Urraca aconsejó a Alfonso que tendiera una celada a su hermano menor. En efecto, en febrero de 1073 García y Alfonso VI mantuvieron una entrevista, en cuyo transcurso el primero fue apresado y posteriormente encerrado en el castillo de Luna, donde moriría en 1090. Alfonso VI quedó así como dueño y señor de Castilla, León, Asturias, Galicia y Portugal.
Aunque resulta difícil estimar el papel que desempeñó Urraca Fernández en estos acontecimientos oscuros, es indudable que la infanta ejerció una gran influencia sobre Alfonso VI, muy superior a la de las esposas de éste, Constanza y Berta. Es posible que fuera el propio Alfonso quien entregara el dominio sobre Zamora a Urraca tras la muerte de Fernando I, con el tratamiento de reina, y parece probado que la infanta intervino activamente en política al menos hasta 1095.
Sin embargo, su biografía aparece desvirtuada por el mito. La tradición la hace responsable del asesinato de su hermano mayor, que beneficiaba principalmente a Alfonso VI.
La Historia Silense, en cambio, pinta a Urraca Fernández como una mujer piadosa cuya vida fue ejemplar, salvo el episodio de la revuelta contra Sancho II. La infanta pasó sus últimos años en retiro conventual. Fue enterrada a su muerte, acaecida cuando contaba 68 años, en el monasterio de San Isidoro de León.